Puebla posee tres de los ríos más contaminados en el país, lo cual lo colocó como el estado con el mayor número de fuentes pluviales con más agentes contaminantes de la República Mexicana, de acuerdo con la Comisión Nacional del Agua (Conagua)

Esto por medio de la Red Nacional de Monitoreo de Calidad del Agua (Renameca), el cual midió 5 mil sitios, entre presas, lagos, ríos, zonas costeras y pozos, y durante cuatro años hubo 84 mil 706 monitoreos de la calidad del agua que arrojaron hasta 4.5 millones de resultados.  

Dicho estudio arrojó que los ríos Los Remedios y de la Compañía en el Estado de México son los más contaminados; seguidos del Atoyac, Alseseca y Nexapa en Puebla; mientras que en Guanajuato están los ríos Turbio y La Laja, el Río Tula en Hidalgo, Escamela en Veracruz, así como San Juan del Río en Querétaro.

Estos ríos presentaron niveles inaceptables de coliformes fecales, sólidos suspendidos totales y demanda tanto bioquímica como química de oxígeno, lo cual representa un foco de infección para la población que habita las zonas allegadas a los ríos.